VideoLa storia inizia con uno strano uomo che narra il mito di un flauto potente. Al suono di esso, un misterioso villaggio viene protetto, diventando così uno strumento di difesa del paese da ogni male, diventando il tesoro del villaggio. Alla fine della storia, l'uomo si alza e chiede: "Il gioco è pronto?". E il maggiordomo: "Sissignore!" Layton, Luke ed Emmy aspettano all'hotel di Mist Haley, città natale di Luke, per scoprire se la leggenda fosse vera.
Dopo un po', Layton è sul punto di rinunciare, quando sentono all'improvviso il suono di un flauto. Affacciandosi fuori, vedono uno spettro che emerge dalla nebbia che distrugge la città. Emmy tira fuori la fotocamera per fare una foto, ma appena lo fa, lo spettro distrugge l'hotel distruggendo anche la macchina fotografica. Lo spettro svanisce, ed Emmy ripensa su come questa intera avventura abbia avuto inizio. Dean Delmona della Gressenheller University assunse Emmy come assistente del Professor Layton. Il suo primo giorno di lavoro, mentre si reca dal professore, nota che egli se n'è già andato: egli ha ricevuto un'urgente richiesta da un suo grande amico Clark Triton. Così si mette alla ricerca dell'apprendista salendo sulla sua bicicletta. A causa della rottura dei freni, si scontra contro la Laytonmobile, dove là vi era Layton. Emmy spiega ad egli che sarà la sua nuova apprendista, e Layton, non molto contento di ciò, da una lettera ad Emmy e le chiede di trovare il messaggio nascosto. Emmy lo trova, infatti il messaggio dice "Per favore, aiutatemi".
Così si recano a Mist Haley per osservare le distruzioni causate dallo spettro leggendario. I due si diricono a casa di Clark, per realizzare il desiderio di quest'ultimo di vederli. Layton spiega a Clark la lettera, che ritiene falsa, anche se Layton cerca di spiegare la validità di questa. Clark spiega a Layton che Mist Haley è in cima ad antiche rovine, e che esse possono aver risvegliato lo spettro. Layton chiede poi del figlio di Clark, Luke, e lui li conduce al piano di sopra facendogli continuare le indagini. Inoltre, dopo esplorano la città per verificare la distruzione, e dopo aver fatto alcune indagini, si recano in hotel per collegare la leggenda a ciò che dicevano gli abitanti. Dopo di ciò succede quanto accaduto prima, cioè che lo spettro distrugge la città, così la mattina seguente inizia di nuovo la ricerca sullo spettro.
